超能力军团和克拉克总统的政府在地球的太阳系中发现了埋藏的暗影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府日益表现出排外和极权倾向，并利用

　　超能力军团和克拉克总统的政府在地球的太阳系中发现了埋藏的暗影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府日益表现出排外和极权倾向，并利用一次军事事件为借口宣布戒严。这引发了火星的独立战争，火星与地球一直存在紧张的政治关系。巴比伦5号以及其他一些地球联盟的边缘殖民地也宣布脱离地球独立。对此，地球联盟试图用武力重新控制巴比伦5号，但在与站方结盟对抗日益增长的暗影威胁的明巴利的帮助下，攻击被击退。
　　出于对暗影在其人民中日益增加的影响力的担忧，森塔瑞大使隆多·莫拉里试图切断与他们的联系。暗影的人类代表莫登先生通过策划杀害莫拉里的情妇，并将责任推给一个竞争的森塔瑞家族，骗他恢复了合作伙伴关系。巴比伦5号和明巴利领导的联盟与暗影之间爆发了公开战争。众人了解到，人类的心灵感应能力来源于沃伦人的基因操控，后来发现暗影飞船易受心灵感应攻击。对沃伦人未能直接对抗暗影感到不满，约翰·谢里丹船长强迫沃伦大使科什·纳拉内克对共同的敌人发起攻击。科什的行动导致他随后被暗影暗杀。
　　前站长杰弗里·辛克莱返回巴比伦5号，请求谢里丹船长、德兰、伊万诺娃和马库斯的帮助，盗取巴比伦4号空间站并将其送回1000年前，作为对抗早期明巴利-暗影战争中的暗影的行动基地。辛克莱经历了与第一季末德兰相同的转变，变成了一个明巴利人，并被揭示为明巴利传说中的真正瓦伦，而非转世。因其被认为已死的妻子（现为暗影工作）再度出现，谢里丹前往暗影的母星Z'ha'dum，暗影试图招募他。然而，他选择通过神风核攻击摧毁了他们最大的一座城市，最后被看到跳入一个深不见底的深坑以逃避爆炸。加里巴迪在与暗影飞船的战斗中失踪。